Fernández Barrueco fue imputado por el Ministerio Público por la presunta comisión de delitos previstos y sancionados por la Ley Orgánica Contra la Delincuencia Organizada y el Decreto con Rango, Valor y Fuerza de Reforma parcial de la Ley General de Bancos y Otras Instituciones Financieras.
El empresario era accionista mayoritario de los bancos Canarias, Confederado, Bolívar y Provivienda. Estas instituciones financieras fueron intervenidas por el Gobierno Nacional durante el año 2009.