El 18 noviembre de 2007 fue una fecha negra para la selección peruana, pues tras el escándalo del Hotel Golf Los Incas fueron separados de la selección Andrés Mendoza, Santiago Acasiete, Jefferson Farfán y Claudio Pizarro.
Desde ahí el ‘Bombardero de los Andes’ no ha jugado de manera oficial con la selección pues, a pesar de que se le rebajó el castigo, la mala relación con Chemo del Solar y Manuel Burga lo alejó de la Bicolor.
Con Sergio Markarián se escribió otra historia: los castigados fueron perdonados con el nuevo ciclo. Aquí, cabe resaltar que Manuel Burga aclaró que Claudio Pizarro no participó en la juerga del Golf Los Incas y con ello limaron asperezas pero igual no puede jugar.
El 31 de agosto de 2010 Pizarro fue sustituido jugando ante el Colonia por una lesión en el muslo y se perdió los partidos amistosos ante Jamaica y Canadá.
El 27 de setiembre de 2010 se recuperó, jugó en el triunfo de 3-2 ante el Hamburgo pero fue sustituido en el minuto 87 al recrudecer su lesión. Pizarro aseguró que fue prematuro jugar tanto tiempo.
11 de mayo de 2011 tuvo un desgarro muscular y el entrenador Thomas Schaaf deslizó en la web del Bremen la posibilidad de cuidarlo para que esté presente en la pretemporada que inicia el primero de julio en Alemania.
Sin embargo, el 29 marzo en la ciudad de La Haya reapareció con la selección jugando ante Ecuador sin goles, pero este 17 de junio volvemos a lamentar una lesión que lo dejará fuera de la Copa América.
